La manera en la que un virus se propaga deja huellas en su genoma. Pistas que pueden después ser rastreadas gracias a la filodinámica, una línea de investigación que permite elaborar árboles genealógicos de los microorganismos a partir de estas huellas, y con la ayuda de algoritmos.
Esta joven disciplina -apenas dos décadas de recorrido- comienza a demostrar todo su potencial en la pandemia actual. Gracias a ella, un equipo internacional de investigadores ha podido reconstruir un modelo de la historia evolutiva del SARS-CoV-2 y ha descubierto que el linaje al que pertenece lleva décadas circulando en murciélagos. Sus hallazgos aparecen en el último número de la revista Nature Microbiology.
Los autores han rastreado la historia del virus responsable de la Covid-19 a partir de datos genómicos de varios sarbecovirus (subgénero al que pertenece el SARS-CoV-2 ). Se han basado en tres enfoques bioinformáticos diferentes para así aislar las regiones recombinantes dentro del genoma de esta familia, identificar cuáles son los elementos comunes y establecer cuándo y dónde aparecen las mutaciones propias a cada miembro.»Los coronavirus tienen un material genético altamente recombinante, lo que significa que las diferentes regiones del genoma del virus pueden derivarse de múltiples fuentes», explica Maciej Boni, profesor asociado de Biología en la Universidad de Penn State (EEUU) y uno de los autores principales de la investigación. «Eso dificulta la reconstrucción de sus orígenes; hay que identificar todas las regiones que se han recombinado y rastrear sus historias».
Por eso el equipo reunió científicos con experiencia en diferentes campos, incluyendo la recombinación genética, la datación, el muestreo de virus y la evolución molecular. Así pudieron trazar las relaciones evolutivas del SARS-CoV-2 con otros virus similares detectados en murciélagos y pangolines y hallar las cinco regiones principales no recombinantes. «Estas regiones (el equivalente de cromosomas individuales) cuentan historias similares; cada región tiene ancestros en el depósito de virus en murciélagos hace unos 40-70 años», afirma Boni. Los expertos estiman que el actual coronavirus divergió genéticamente de los sarbecovirus de murciélagos en tres puntos: 1948, 1969 y 1982. Se separó de un virus genéticamente muy similar, el RaTG13 (descubierto en un murciélago de herradura en 2013 en la provincia china de Yunnan), hace ya medio siglo, en 1969.
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